亚急性甲状腺炎属于自限性疾病，当疾病进展到一定程度之后会自行好转，逐渐恢复到健康状态。亚急性甲状腺炎治疗主要考虑以下几种情况：
1、缓解症状，患者就诊时主诉颈部疼痛，影响睡眠，甚至出现发烧，此时需考虑采用非甾体抗炎等药物对症治疗，大部分症状可得到迅速缓解和控制，随病程进一步进展，机体自我修复后症状基本消失。如使用非甾体抗炎药无效，不能较好控制疼痛或发烧症状，可短期使用糖皮质激素，避免长久使用糖皮质激素，否则会产生依赖性；
2、甲状腺被破坏，不能合成甲状腺激素，出现甲状腺功能减低，从而出现甲减症状，如记忆力下降、怕冷、手脚发胀、体重增加等，使患者处于萎靡状态，此时可临时给予甲状腺激素替代治疗，即使患者有明显甲亢症状，也无需药物治疗。如果甲亢第一阶段症状较明显，出现心悸，可对症使用β受体阻滞剂稳定心率。
由于亚甲炎患者甲状腺变大、变硬，容易形成甲状腺结节或者甲状腺肿大的误区，其实随着炎症消除，自我修复，症状可逐渐减轻，无需手术治疗。