脑干脑炎既有可能是感染继发的脑干脑炎，也有可能是免疫机制引起的BBE，即Bickerstaff脑干脑炎。脑干脑炎经过急诊处理以及后期的康复，有可能完全不遗留后遗症。由于是脑干损害，部分患者会遗留一定的后遗症。常见的后遗症有以下几种：
1、颅神经麻痹：脑干是很多颅神经的核团所在的大本营、根据地。比如动眼神经核、滑车神经核在中脑，这个位置发生损害，患者有可能继发动眼神经麻痹，有时会遗留下来，不好恢复。面神经核、展神经核在脑桥，损害了之后很容易遗留面展神经的瘫痪。而延髓的病变有可能会遗留吞咽困难、 构音不清，以及伸舌偏斜等后遗症，这些都统称为颅神经麻痹；
2、意识障碍：由于中脑的上行性网状激活系统是维持清醒的非常重要的中枢，这个位置破坏了之后，部分患者恢复不太好，可能会遗留嗜睡的后遗症，甚至是长期处在浅昏迷状态；
3、共济失调：由于脑干是大脑半球和小脑相连接非常重要的桥梁地带，小脑的三对角都通过脑干连接，小脑上角、小脑中角、小脑下角的损害，都有可能会遗留共济失调，类似于小脑病变；
4、脑干综合征：比如交感神经链破坏之后，部分患者可能会遗留Horner综合征，表现为同侧的瞳孔内陷、瞳孔缩小、皮肤无汗；
5、核间性眼肌麻痹：这是由脑干的内侧中枢病变导致，眼睛不能够共轭运动，左眼睛外展的时候，右眼睛不能够同时内收。