扁桃体脓栓通常是急性化脓性扁桃体炎，脓性分泌物增多，尤其在隐窝内会有分泌物积聚。此时在隐窝口可以看到有脓栓样表现，扁桃体红肿，表面可有黄白色的颗粒样物甚至会突破扁桃体表面。
急性化脓性扁桃体炎主要通过适当抗生素治疗来控制感染，脓栓自然就会慢慢消除，抗生素可使用青霉素类药物，如阿莫西林，通常连续治疗10天就可以有较好的治疗效果，并能较好的预防复发。
对于慢性扁桃体炎，通常表现为咽喉的异物感、堵塞感、烧灼感、扁桃体隐窝口会扩张。
扩张之后，由于分泌物可以混合少量饭渣存留在扁桃体隐窝内，若得不到及时的排出，打开口腔可以看到隐窝内有黄白色颗粒，但是并不是真正的脓栓。通常与胃酸反流的刺激有关，必要时使用抑制胃酸药治疗以取得好的疗效。