肛管炎和肛窦炎的区别主要有以下几点：
1、位置不同：肛管炎是整个肛管，即肛门有松紧的区域，表面出现炎症性病变。肛窦炎是指肛窦发炎，只属于肛管的部分结构，肛窦位于齿状线，齿状线大致位于肛缘上方2cm左右，具体位置因人而异；
2、疼痛性质不同：肛管炎覆盖肛管的上皮组织，由于各种原因出现炎症性改变，表面可能会有糜烂、破溃等病理性变化，在排便的过程中大便对肛管产生摩擦，会产生强烈的疼痛感。肛窦发炎时也会有疼痛感，但疼痛是间断性即偶尔发作，如果在肛门检查时摁到肛窦的位置患者会疼痛，摁到其他位置疼痛则不明显或者没有疼痛。