根管治疗的各个环节常常要面临各种复杂的临床情况，有时会因患者患牙以及术者原因发生操作中的问题，甚至导致并发症的出现。因此在临床操作中首要的是如何预防和避免操作问题和并发症的发生，一旦出现异常情况应能够及时准确的识别问题，并正确分析产生问题的原因，进而找到恰当的处理策略，争取获得最佳的善后效果，临床上常见的并发症有：
1、急性炎症反应：在根管治疗术中或充填术后少数患者会出现局部肿胀、咬合痛、自发痛等症状，有文献报道发生率在10%左右，其原因是未能正确确定根管的工作长度，使得在进行根管预备时将根管内的感染物质推出根尖孔造成；
2、器械分离于根管内：根管内器械分离是造成根管阻塞的常见原因之一，据报道器械分离的发生率在2.09%，原因包括器械金属疲劳、消毒液腐蚀损害、操作方法不当、患牙本身根管过度弯曲等，所以在进行根管预备前要进行X线片的检查，了解根管的走行，对于弯曲度大的根管要提高警惕，操作前后仔细检查器械，分离在根管内的器械，可通过上段或者根尖手术的方法取出，分离在根尖部的器械可以作为充填材料的一部分，加强消毒，定期复查；
3、髓腔或根管穿孔：比较容易发生在髓腔的狭窄部分如根管弯曲处，如果穿髓孔较小，充分止血后可进行生物陶瓷材料直接修补，如果穿髓孔较大可考虑行根管外科治疗，根管手术包括牙根切除术、牙半切术等；
4、器械落入呼吸道及消化道：这类并发症极为少见但是也是极为严重的，应尽可能避免，现在治疗基本上都是在橡皮障下进行，可以杜绝此类事情发生；5、牙折：根管治疗后的牙齿抗折性较差，需要行高嵌体或者全冠修复。