巧克力囊肿腹腔镜手术的危险相对较小，具体如下：
1、麻醉风险；
2、术中可能牵扯到出血，出血多有可能出现休克，危及生命；
3、如果患者的解剖位置及解剖关系的变异，腹腔镜手术术中是需要中转的；
4、术中还可能发生血管、神经以及相应的邻近器官的损伤，比如巧克力囊肿旁边是子宫，毗邻的器官有血管、膀胱、肠管，这些都有可能发生损伤；
5、腹腔镜手术虽然是微创的，但是也有切口，切口的并发症包括出血、血肿、脂肪液化、感染、愈合不良等；
6、术后可能会出现肠麻痹、肠梗阻；
7、呼吸道的并发症，比如肺部感染、肺部不张、胸腔积液、气胸等；
8、循环系统容易出现的心律失常、心肌梗塞、心力衰竭、心跳骤停；
9、泌尿系统出现尿路感染、膀胱麻痹、尿潴留等；
10、脑血管意外、癫痫、血栓性静脉炎以及肺栓塞等情况都可能发生。
这些严格意义上来讲是小概率事件，远远小于日常发生的交通事故的概率。