做任何手术都具有一定风险，但是血栓清除的手术风险是可控的。大部分风险在于手术操作过程中可能出现血栓脱落的情况，较小的血栓脱落不会引起太大的问题，但是较大的血栓脱落会导致致死性肺栓塞，但这种风险发生的几率也是很低的。
国外通常都不提倡术中直接使用下腔静脉的滤器，但是国内指南表示更希望病人能够安全度过手术阶段，所以可以术中放可回收的滤器，一旦血栓完全清除掉后，把滤器回收，这样既没有发生致死性肺栓塞，体内也不存在任何异物；其他的手术风险包括穿刺的并发症、血管破裂，通常这些风险发生率很小，因为静脉的压 力低，不会造成很严重的出血。
还有就是在术中有失血的风险，但是这种失血大部分都是可控的，出血量约200-400ml，对于正常人来说，这些失血量不会造成大的影响。