婴儿鹅口疮经常发生在不注意卫生或免疫功能低下时的婴儿。当发现鹅口疮时在局部可以用2%-4%碱性液如小苏打，清理口腔，每天清理3-4次。清理口腔之后用制霉菌素甘油进行涂抹局部，如果严重的鹅口疮的患儿还需要口服制霉菌素，甚至输液此类药物进行治疗。
此外婴儿还要注意营养，要注意喂养提高婴儿抵抗力，要补充B族维生素注意平时卫生，婴儿应用的东西一定要注意消毒，用热水进行烫，并且放在阳光下进行暴晒比如孩子的奶嘴、口水巾等要及时定期更换。
母乳喂养的婴儿，母乳喂养时乳头也要注意及时清洗。另外婴儿菌群失调也会引起鹅口疮，要注意补充益生菌治疗，同时避免滥用、长期 应用抗生素。