重症肌无力在20世纪60年代被发现与自身免疫功能障碍有关，即神经肌肉接头的突触后膜乙酰胆碱受体被自身抗体攻击，而引起的自身免疫性疾病，支持的证据主要有：
1、90%的重症肌无力患者血清中可以检测到乙酰胆碱受体抗体，血浆置换以后可以改善肌无力的症状；
2、将患者的血清输入小鼠，可产生类重症肌无力的症状和电生理的改变，患本病的母亲分娩的新生儿也可患重症肌无力；
3、80%的重症肌无力患者有胸腺肥大、淋巴滤泡增生，20%的患者有胸腺瘤，胸腺切除可以改善70%患者的临床症状，甚至可以痊愈；
4、一部分患者常常合并有自身免疫性疾病，包括临床上常见的甲亢、系统性红斑 狼疮、类风湿关节炎等。