胃镜检查需进入消化道，而消化道存在黏膜，进行胃镜检查的过程中可能蹭破黏膜，如胃溃疡或十二指肠溃疡的患者进行胃镜检查时，如果胃镜上存在其它患者的带有病毒的体液，则可能导致感染，此为医源性感染。所以现在对于医源性感染的问题要求较严格，即需要准备较多胃镜，且每进行一次胃镜检查后均需进行正规的消毒过程。
患者认为做胃镜检查后感染了乙肝病毒时，首先需确认感染的顺序，其次分析时间关系。乙肝感染后的潜伏期是1-6个月，多数在3个月。建议做胃镜检查前先检查自身是否存在乙肝病毒，避免并未了解自身患有乙肝的受检者在胃镜检查后发现乙肝病毒阳性，认为是胃镜检查导致的感染乙肝病毒。