由于口腔溃疡病因尚不明确，目前无法根治。治疗原则是以消除病因、增强体质、对症治疗，以减少复发次数，延长发病的间歇期，减轻疼痛，促进愈合。治疗方法主要包括：
1、局部物理治疗：包括激光、低频超声、化学腐蚀、物理屏障等；
2、局部抗炎药物：通常用氯己定、金霉素等药物；
3、局部皮质类固醇激素：一般用氢化可的松或者氟轻松、泼尼松龙药膜，也就是俗称的口腔溃疡膜贴敷或者喷剂进行治疗；
4、局部止痛：因为口腔溃疡会很疼，有一些局部的止痛凝胶，或者是含有止痛剂的口腔溃疡进行止痛治疗；
5、其他局部抗炎制剂： 可以用阿司匹林含漱或者是双氯酚酸、胃溃宁等药物进行局部的治疗；
6、全身用药：泼尼松龙、左旋咪唑或者秋水仙素等。