病毒性脑炎通常是急性起病，脑炎发病前具有前驱的症状表现，即发病前常有感冒、受凉的发生，表现如发热、头痛或者食欲减退，精神状态不太好，呕吐、腹泻，流鼻涕，咽喉疼痛，部分还有肌肉酸痛，或者精神情感淡漠的表现，继而出现脑炎所致的精神症状，如头痛、呕吐加重，容易出现嗜睡或者昏睡，全身性或局部性的抽搐，甚至出现惊厥的持续状态。
就诊检查中发现有颈项强直、脑膜刺激征阳性，部分病人出现不同程度以及不同部位的肢体瘫痪，或是颅神经的麻痹，是病毒性脑炎损伤的局部神经导致的。并出现病理征阳性，有些病人以精神症状发病为主，表现为兴奋多语、哭泣、吵闹、烦躁不安，有时候打人、骂人、或者精神忧郁、表情变的呆滞，缺乏明显的神经系统异常的体征。
病毒性脑炎还常见伴发的症状，比如肠道病毒感染性的脑炎发病，常伴有麻疹样或者水泡样的皮疹；腮腺炎病毒性脑炎，发生于腮腺肿痛后3-10天左右，可见到明显的发热、肿痛的腮腺；单纯疱疹性病毒性脑炎，经常看到口唇或是角膜出现疱疹。