核磁共振与CT的区别在于核磁共振没有电离辐射，它是通过原子核在磁场中产生了信号，通过计算机重建处理，然后成像。核磁共振可以多方位多角度的成像，核磁共振对软组织的分辨率比较高，对比度也比较高，主要用于中枢神经系统疾病的诊断，用于脊柱、脊髓疾病的诊断，对于关节病变的诊断，磁共振优于CT。
但是磁共振检查相对CT检查时间比较长，它不适合急症及危重病人来检查，同时有幽闭恐惧症的患者不适合做磁共振检查，体内有金属植入物的患者也不适合做磁共振检查，但是钛合金可以检查。CT主要缺点是有电离辐射，这是CT的是最大的一个缺点。
但是CT检查的效率比较高，检查价格相对磁共振来说也要低一些。CT的图像后处理功能比较强大，后处理做出二维、三维的图像。CT它相对磁共振的优势在于CT对骨性病变，钙化性病变比较敏感，CT对呼吸系统病变的诊断优于磁共振。