眼部真菌感染需要进行抗真菌治疗，一旦发生眼部真菌感染，目前药物选择比较有限，如两性霉素B或氟康唑眼药水，可能需要自行配制，市面能够购买药品价格比较昂贵，所以预防真菌感染较为重要。
一旦发生真菌感染，早期发现、早期诊断、早期治疗十分关键，因为真菌感染后期较为顽固，真菌菌丝可以穿透角膜全层，导致角膜溃疡甚至角膜穿孔。板层角膜移植无法治疗真菌感染，所以对于严重真菌感染，已经直接威胁眼球，易发生角膜穿孔，可能需进行角膜全层移植，控制病灶发展。此外，可以考虑进行全身抗真菌治疗，但眼睛局部 抗真菌治疗更加重要。