先天性甲低一般不会有生命危险。甲状腺功能对于人体的运转有重要作用，如果甲状腺功能不能继续运转，孩子会出现智力或者身体发育等问题，需要及时发现治疗。早期发现正规治疗的宝宝与正常儿童没有不同，但是这种疾病并不是在治疗一段时间之后就会全部治愈的，其需要长期治疗，需要患儿长期补充甲状腺素片，而且有的患儿还会终生补充这种药物。
一旦患儿诊断之后就需要开始进行治疗，通常在生产后的1个月开始，部分甲减是永久性治疗，大多在2-3岁时可停药。新生儿甲减越早治疗，其预后效果就会越好，不会影响到孩子的生长和智力发育，及时给予科学治疗，神经系统症状是可以逆转的。
医学上都认为2个月之内发现的疾病，然后进行早期治疗，同时终生服用药物，智力上基本上是正常的。如果大于10个月的宝宝才发现和治疗，智力只能达到正常的80%左右，大于2岁发现，如果影响智力，这种智力落后是不可逆转的。