更年期综合征病因最主要是：
1、内分泌原因，因为更年期卵巢功能消失，即生殖功能和内分泌功能，卵巢一旦没有功能以后就不会分泌女性激素。女性激素对女性非常重要，所以一旦失去女性激素以后，会引起女性体内神经内分泌调节失常，所以这是最主要因素；
2、神经递质的问题，神经递质问题是非常复杂的问题，现在还有很多未知；
3、遗传因素。
当然最主要的是内分泌问题，比如女性因卵巢癌必须要切除卵巢，即使很年轻，如果把卵巢切除会出现严重更年期综合征。但这时如果将激素及时补上以后，这些症状就会消失，所以内分泌失调是最主要的病因。