肛门指检和肛门镜检是肛肠科医生最常用，也是最简便的两种检查手段，可以在病人同一就诊过程中实施。肛门指检是医生借助手指从肛门进入直肠，主要是触摸直肠中下段以及肛管，通过手指触觉对肛门直肠内部以及周边病变或组织状态进行检查，其主要检查就是肛管直肠里有没有新生肿物、同时有没有黏膜松弛、肛门括约肌的张力状态、以及齿线区有没有饱满搏动感及压痛这类跟炎症疾病的相关体征。
肛门镜检是医生要借助塑料类似扩张器的器具把肛门撑开让可以医生直视下去，观察到直肠末段包括齿线附近的内痔部分黏膜。肛门镜主要观察黏膜情况，其观察黏膜色泽、血管丛分布情况，以及有没有 溃疡、脓点，有没有缺血的表现。
如果到了肛门口附近就要观察，针对有内痔的病人，观察内痔的分布情况、充血、肥大、增生程度以及痔核分布情况等。选择病人的治疗方法主要就是肛门指检和肛门镜检，它们互相配合来达到最直观、最简单的对肛门以及直肠周围的组织结构，起到初步认识、判断检查的手段。