胆结石患者有时需要做核磁共振的检查，跟普通腹部疾患的核磁共振没有太多区别。患者进入磁共振仓，憋气进行磁共振的扫描，有时要做增强的核磁共振，还需要在手臂上打静脉留置针，进行药物注射，以便显示的更加清楚。
做磁共振的患者需要避免身上任何的金属和磁卡类物品，进入磁共振机内还要保证身上没有任何金属制品，包括有金属关节类的患者，一般不太适合做核磁共振。不是每个胆结石的患者都需要做核磁共振，只有高度怀疑胆管内有结石的患者才需要做核磁共振。
核磁共振也叫做MRCP，胰胆管成像的磁共振性影像可以精细显示胆总管全部的表现，包括 胆总管内有没有结石、有没有肿瘤、胆总管有没有扩张、肝内胆管有没有狭窄或扩张，通过核磁共振都可以得到良好的显示。
胆结石核磁共振目前在很大程度上替代有创的检查方法，包括ERCP检查方法，是CT的良好补充，甚至在某些方面的优越性已经超过了CT检查。