肛瘘手术中医师要注意以下几个方面：
1、准确寻找和处理内口，彻底清除感染的肛窦、肛腺和导管是治愈肛瘘的关键；
2、彻底清除主管、支管和死腔窦道，使其开放，保持引流通畅；
3、注意保护肛门的生理功能和肛门括约肌，正确处理肛管直肠环和肛门括约肌的离断；
4、肛尾韧带可以纵行切开，但是不能横断，如果必须横断，则在清除病灶后一定要将横断的肛尾韧带重新缝合固定，防止肛门向前移位或者塌陷；
5、如果做直切口，必须以肛门为中心做放射状切口，如果做弧形切口，弧形切口需在肛门括约肌外缘；
6、在保证引流通畅的同时，适当缝合缩小创面，缩短疗程，尽量 减少术后肛门缺损和畸形，恢复肛门功能。