肛门囊肿在临床上是较少诊断，相对诊断常见于肛旁脓肿，所以肛门囊肿应该是指肛旁脓肿。
是否需要手术治疗，因为肛旁脓肿具有一定的临床表现，可以在肛门旁边出现红、肿、热及痛的包块，而且在临床上比较常见。治疗方式分为两种，一种是保守治疗，另一种是手术治疗。
保守治疗是使用抗生素，同时保持大便的通畅，局部热敷或者是敷药物，同时进行局部的理疗，保守治疗会有一定的效果。其实在更多情况下需要手术治疗。
一旦出现肛旁脓肿，而且在已经化脓的情况下，需要切开引流。部分肛旁脓肿会自行破溃，形成自发性的切开引流，疾病很快就会好转。但是病人往往在后期形成所谓的 肛瘘。肛瘘一旦形成，必须经过手术治疗，否则会反复发作。