牙根疼痛大多数原因是由根尖周炎引起，牙髓炎发展到晚期，牙髓组织大部分或者全部坏死，引起细菌感染，造成根尖周组织的发炎。
急性期主要以缓解疼痛为主，打开髓腔清除根髓，保持根管通畅，使感染物质从根管内引流，减轻压力，从而缓解疼痛。急性化脓期脓液达到骨膜下或者黏膜下，可以在根尖区将脓肿切开引流。
急性期缓解后可以进行根管治疗，根管内彻底清除感染物质，进行严格的根管消毒以及严密的根管充填，封闭根管系统。病变较大，单纯根管治疗不能控制炎症时，则需要进行根尖手术，直接从根尖区域清除根尖感染物质，从而使根尖炎症得到改善。