种植牙自体骨移植需要开辟两个术区，即植骨区域，要切开翻瓣，打开这个术区，以及供区，提供缺失骨量、骨块，还要开个术区。并发症有以下方面：
1、提供骨块区域，并发症有容易出现黏膜开裂、伤口开裂，做完手术以后把黏膜关闭缝合起来。但有些部位特别是颏部，比如下巴颏部位，有些患者前庭较浅、嘴唇运动、颏肌张力有时较大的情况下，缝完后因为前庭沟浅或者颏肌张力大会造成伤口裂开；
2、疼痛，做完手术后，患者会有3-5天的疼痛感，这种术区疼痛在供区也经常发生，而且颏部比例要高于下颌角部位的比例；
3、肿胀，术区取完骨后，因为组织的应激反应，水肿会较明显，有时颏部下巴、整个下嘴唇会肿的较明显，主要是术后水肿造成的，一般术后会进行加压包扎，把肿胀减到最小程度；
4、供区会出现感觉或邻近牙齿的感觉性变化，做完手术以后，牙齿会有冷热酸疼的敏感，皮肤会有稍微麻胀感觉。受区需要植骨区域，并发症有伤口的裂开。这种骨头不够，增加很大骨量后，黏膜不容易关闭，需要增加骨膜切开，关闭伤口以后有时会有水肿，造成伤口裂开。术后因为术区有活动性炎症，或者供区处理不好造成污染，造成植骨区域术后感染的发生。这是潜在危险性并发症，因为这种感染不加控制，会造成移植骨的吸收失败，后果比较严重。这种移植骨块的吸收，有时候比例较大，据统计最高能达40%-50%左右的吸收，因此一般移植完骨以后，在表面覆盖一层胶原膜，会大量延缓吸收比例。