通常情况下，儿童进行全身麻醉对身体不会造成较大影响。体质较差、肝肾功能不好、代谢缓慢，或麻醉时间过长的手术，可对患儿造成一定影响，例如全身麻醉药物、镇静麻醉药物、肌肉松弛药物和镇痛药物。
其中，镇静麻醉药物可导致患儿清醒后精神状态异常，比如淡漠、易激怒、失眠，或者爱睡觉；
肌肉松弛药物和部分长效镇痛药物可使患儿清醒后全身无力，严重者甚至可导致呼吸肌无力而出现呼吸衰竭，需长期应用呼吸机治疗。
另外，不合适的气管插管等用具，可损伤患儿的气道黏膜。因此，儿童行全身麻醉时，在麻醉药物和器材选择方面需慎重。