重度萎缩性胃炎伴重度肠化，跟普通萎缩性胃炎的治疗相同，具体如下：
1、饮食习惯要改变，避免进食辛辣刺激、粗糙、过热、过烫食物；避免进食变质、不新鲜、烟熏、腌制食物；避免吸烟饮酒、暴饮暴食、饥饱不均、不吃早餐等不良饮食习惯，长期不吃早餐临床内镜可发现患者胃内有大量胆汁存留，胆汁反复存在，造成胃黏膜炎症损伤，最终导致萎缩性胃炎，所以饮食习惯改变非常重要；
2、病因治疗，杀幽门螺杆菌，幽门螺杆菌存在胃内，自愈率为零，而且是引起慢性胃炎的主要原因，如果内镜下确诊有慢性胃炎存在，或者长期有烧心反酸、上腹部不适等消化不良症状，建议杀幽门螺杆菌治疗；
3、中医药辨证治疗，或者西药黏膜保护剂促动力药物综合治疗，改善消化不良症状和促进黏膜愈合，阻止病变进一步发展；
4、定期随访，重度肠化不典型增生，甚至异型增生，会增加癌前病变发生概率，建议每1-2年复查一次胃镜。