牙齿根部发黑的治疗方法如下：
1、首先只是单纯颜色方面的发黑。临床上常常有人来了之后问牙根变色了是不是坏了，是不是需要补一下。结果临床上检查发现牙齿还是很硬，基本上没有窝洞存在，就是单纯的色素所致。色素是由于有的位置刷牙时不容易刷到，时间长了脏东西就会慢慢硬化，然后就开始变色，这种牙齿单纯发黑，通过洗牙就可以把色素洗掉；
2、如果检查发现确实是有窝沟形成，也就是临床上说的有龋齿形成，这个时候就需要用车针把变黑的地方打磨掉，然后用树脂充填；
3、如果是老年人时间长了，黑的细菌已经破坏到很深，这个时候可能已经到牙髓，这种根部的发黑需要做根管治疗之后，再打桩，把它再给充填一下，或者做牙冠保护起来。