肺部穿刺会使用麻醉药进行局部麻醉，进行局麻时存在轻微疼痛，类似于平时进行肌肉注射或者皮下注射胰岛素的感觉。大部分病人局部麻醉后再用穿刺针进行穿刺时不会存在明显疼痛；小部分病人对疼痛比较敏感或疼痛阈值比较低，可能会有一些不适感，但不会产生剧烈疼痛；个别病人会产生胸膜反应，属于胸膜对外界刺激的反应。此类患者主要表现为植物神经反应，病人会有出虚汗、心慌等感觉，但并不是疼痛。
患者可能还会关注局部麻醉药时间过后，也就是45分钟后是否存在疼痛，一般情况下在做肺穿刺时当穿刺针拔出体外后，不会再有后续的疼痛反应，有一些疼痛阈值确实比 较低的病人会有胸部不适感，穿刺后24小时内可以给予适量镇痛药。超过24小时疼痛会完全消失，病人不会有任何不适感。