由于肾小管炎症，最常见的可能是间质性炎症，像急性肾盂肾炎或者慢性肾盂肾炎这类的炎症或者中毒；
药物最常见的，如以前中药用的比较多的乌头类的或者马兜铃这类药物，导致的肾小管中毒损伤；
重金属中毒如砷、汞之类的中毒，引起肾小管受损后，导致肾小管内滤出的小分子蛋白质，不能被肾小管充分的重吸收而产生的蛋白尿，称之为肾小管性蛋白尿。因为肾小管性蛋白尿的肾小球滤过功能基本正常，主要是肾小管正常分泌小分子蛋白质不能被重吸收，所以在进行尿检查的时候，会发现有α1、β2的微球蛋白、溶菌酶，这类小分子蛋白质增多为主。
24小时尿蛋白定量通常在1g/24h以下 ，因为它与肾小球相关的蛋白尿是有区别的，毕竟它只是肾小管少量的分泌蛋白，不像肾小球内滤出的那么多。所以肾小管性蛋白尿只是出现血浆白蛋白的减低，浮肿相对会比较少些。