蛛网膜囊肿在CT上表现为一个较大的圆形低信号占位病变。对于蛛网膜囊肿而言，CT不是最好的检查方法，但较多蛛网膜囊肿通过CT检查发现。因为蛛网膜囊肿引起症状的可能性较小，大部分蛛网膜囊肿均是因为头部外伤之后做CT才被发现。
大部分蛛网膜囊肿发生在颞叶，CT检查时可观察到左侧或右侧颞叶，甚至两侧有黑色圆形或椭圆形病灶。此时可进行磁共振检查，是诊断蛛网膜囊肿的金标准。通过CT发现，最后经过磁共振证实，是确诊蛛网膜囊肿最好的方法。
有些患蛛网膜囊肿的病人受外伤后会引起出血，CT可能会有高信号 的表现。总体而言，低信号病灶是蛛网膜囊肿典型的CT表现。