在停药以后复发的小儿中，要先判断引起复发的诱因，譬如是否有常见的诱因，如感染、过敏。上述诱因存在的时候，要去除上述复发的诱因。
治疗要根据初次治疗，判断小儿到底是激素敏感，还是激素耐药或者激素抵抗的情况。如果是激素敏感的病人，还是会单用激素治疗。
如果小儿在第一轮的治疗中已经是激素抵抗或者激素依赖的病人，在复发以后，同样会先回到激素联合免疫抑制剂的治疗方案。
儿童肾病综合征治疗的常用免疫抑制剂，包括最经典的细胞毒性药物，如环磷酰胺，还有新型的免疫抑制剂，如 钙调磷酸酶抑制剂里面的环孢素、他克莫司，还有抗增殖类的药物，如霉酚酸酯等。