革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的主要区别是细菌种类和所致疾病不同，具体情况如下：
1、革兰氏阴性菌：包括大肠杆菌、克雷伯杆菌、假单胞菌、沙门氏菌、流血嗜血杆菌、伤寒杆菌、布鲁氏菌等，可以导致较多严重的感染比如肺炎、腹膜炎、泌尿系统感染、血液感染、伤口和手术部位感染以及脑膜炎等；
2、革兰氏阳性菌：包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、链球菌和肺炎球菌等，肠球菌和破伤风梭菌在临床中比较常见，金黄色葡萄球菌是致病性最强的葡萄球菌，导致大多数葡萄球菌感染。包括皮肤感染如蜂窝织炎、毛囊炎，感染性关节炎、脓肿 、心内膜炎、细菌性肺炎等。表皮葡萄球菌通常会在免疫系统薄弱患者，或者住院患者身上引起感染，比如会引起导管相关性医疗器械感染，也会引起菌血症还有手术部位感染等。链球菌也是常见的致 病菌，可以引起食源性疾病，还可以引起院内感染。肺炎链球菌是社区获得性肺炎常见的病因，可以引起鼻窦感染、脑膜炎等。肠球菌主要在结肠中发现，也会引起腹腔、胆道和泌尿系的感染。破伤风梭菌可以产生破伤风毒素，是一种神经毒性的物质，通常会出现在土壤、灰尘和生锈的工具上，如果毒素引起感染，称为破伤风。破伤风是紧急的医疗事件，如果治疗不及时，后果极为严重。