小儿上呼吸道感染最常见的病原体是以病毒感染为主，70%左右小儿的病原可能是病毒，像比较常见的病毒有副流感病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、冠状病毒，都是容易引发小儿出现呼吸道感染比较常见的病原微生物。
除了病毒以外就是细菌感染，也是比较常见容易引起上呼吸道感染的病原微生物，像在细菌里比较常见的是溶血性链球菌感染。其次可以是肺炎球菌、流感嗜血杆菌和葡萄球菌，也是容易引发小儿出现呼吸道感染的常见细菌。
还有一些小儿的病原微生物可能是支原体或者衣原体的感染，也可以造成小儿的上呼吸道感染症状。不同的病原微生物引发小儿的症状可能会略有不同，同时对症进行治疗和疗效也会有所差异。
像一般的鼻病毒感染可能鼻子的症状相对比较多，像一些柯萨奇病毒引起的上呼吸道感染可能疱疹症状相对出现比较多。有一些小儿是溶血性链球菌感染，可能扁桃体感染的症状相对比较明显，像支原体感染容易引发小儿出现咳嗽的症状。当然对于不同的病原微生物，所进行的治疗方法也会不同。