高位复杂性肛瘘的症状，主要分为炎症期和静止期：
1、在炎症期表现为肛门部轻微疼痛、坠胀、排便不尽感和肛门异物感等不适，有时会有少量的肛门脓性分泌物，溃口会呈间歇性或持续性流脓，反复发作，难以愈合。腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，患者自己可以触摸到肛门周围纤维化的硬结，有时也可以摸到条索状的瘘管。由于脓液或分泌物不断流出，刺激肛周皮肤，还会引起肛门潮湿、瘙痒，有时可伴发肛周湿疹；
2、肛瘘静止期，处于静止的时候可以无临床表现，但每当食用辛辣刺激的时候，或者出现作息不规律时，容易诱发肛瘘再次发作，出现流脓，迁延日久，很多瘘管纤维化还会导致肛门狭窄，引起排便困难，有时可以瘘口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便时疼痛加剧。当某些疾病引起肛瘘时，我们要特别注意，譬如溃疡性结肠炎、克罗恩病、结核病等等，长期的炎症刺激、腹泻、腹痛、大便次数增多，极易引起肛瘘。像结核性肛瘘的特点，起病缓慢，局部脓肿形成时无明显疼痛，溃破后脓汁比较稀薄，病程较长，缠绵不愈，瘘管内口较大，边缘不整齐，肉芽一般不新鲜，瘘管分支多，病人还常伴有全身的结核中毒症状，如低热、盗汗、乏力、消瘦等等症状。