先天性甲低，主要是由于先天原因，导致甲状腺激素的合成、分泌或者作用缺陷，出现一些临床综合征。一般来讲先天性甲低，它的病因比较多，主要分为中枢性，还有外周性：
1、中枢性：中枢性主要是由于下丘脑分泌促使甲状腺素释放激素减少，或者是各种原因导致垂体分泌促甲状腺素减少引起的；
2、外周性：主要是由于甲状腺自身发育的异常，或者有异位，或者是合成甲状腺激素或者分泌甲状腺激素缺陷导致；另外有少部分的病人主要是因为组织器官对甲状腺激素不敏感或者抵抗，所以导致临床甲低的表现。
在临床上，先天性甲低现在的发病率越来越高，可能是由于孕早期，母亲比如说有病毒感染，或者是有外周射线损伤，或者早期误服一些药物所引起的。