胆总管结石要和一些疾病进行鉴别，包括胆囊癌、无结石的胆囊炎或者胆囊炎症，以及临床消化科一些溃疡病、胰腺炎、胃酸反流、阑尾炎，还有胆道运动功能障碍性疾病、胆总管结石。除与上述疾病进行鉴别外，还需通过以下手段来判断胆总管结石：
1、影像学检查：超声是最常用的一种手段，还有CT、磁共振等；
2、内镜诊治：内镜下胰胆管逆行造影是我们常用的一种方法。内镜下逆行胰胆管造影，可以通过检查胆管、胰管，把造影剂注入管道，拍摄X光来进行诊断，同时部分病人通过逆行胰胆管造影(ERCP)的办法还可以进行治疗；
3、血液检查：包括肝功能、白细胞检测，能够判断感染或者其它问题， 可以为医生提供其它有用的信息，判断是否存在感染，或者肝脏其它发炎的状况。