漂浮导管置管术属于有创的操作，有一定的风险：
1、在置入的过程中，有可能穿刺到动脉，导致动脉出血，或者是穿刺到肺部导致气胸、肺部的胸腔积液；
2、如果留置过长，甚至有可能会出现感染；
3、导管在心脏内漂浮的时候，尖端如果刺激到心内膜，可能会诱发心律失常；
4、如果是尖端的气囊破裂，有可能会导致气体的栓塞；导管堵塞的时间过久，有可能导致血流不畅，引起肺动脉的栓塞。
穿刺的过程中，为了防止穿刺到动脉，可以术前使用B超定位的方式，来减少误穿的风险；心律失常可以提前口服药物，避免心律失常的发生；防止气体出现栓塞，可以每次打气不要超过1.5毫升的气体；预防感染的发生，尽量缩短导管留置的时间。导管留置时间在2-3天内，如果超过5-7天，就要拔出导管或者重新穿刺置管。一旦发生心律失常，要立刻停止插管的操作，使用利多卡因抗心律失常的药物。