子宫内膜异位症的预防通常是根据其机制和发病机理来进行的，主要预防有以下几点：
1、防止经血逆流，及时发现经血潴留的疾病，如先天性生殖道畸形闭锁，或者宫颈继发性的粘连；同时要避免月经期内的性生活等等；
2、减少非必要的多次宫腔手术的操作，比如尽量做好避孕的相关措施，避免意外妊娠后的人流手术；
3、对于没有生育要求的女性，可以选择口服避孕药，使用口服避孕药一方面可以起到抑制排卵，促进内膜萎缩，使得子宫内膜异位症发生的风险下降。同时对于有高发的家族史的患者，或者容易带环妊娠的患者，亦可以起到避孕的效果；
4、尽量减少医源性的子宫内膜异位症发生，一般在手术的过程中，尽量保护好手术疤痕部位的视野，尽量防止子宫内膜携带到子宫疤痕处，避免疤痕处的子宫内膜异位症。