子宫内膜异位症具体的病因及发病机制目前医学上仍十分不明确，但最常见的有以下几种经典的学说与理论：
1、异位种植学说：其较为受尊重，即通常所说的经血逆流的学说。在月经期的时候，子宫内膜的组织通过经血逆流，由输卵管进入到盆腔，播散于盆腔的各个部位，并且在此基础上黏附、侵袭血管生成，使得病灶产生，同时子宫内膜也通过静脉以及淋巴向远处播散。因此，盆腔环境的改变和异位症的发生是密切相关的；
2、体腔上皮生化学说：是由于体腔上皮，比如卵巢表面上皮或者盆腔的腹膜，受到经血慢性炎症的不断刺激之后，激活转变为子宫内膜样的组织，故而致病；
3、诱导学说：为第二种学说的 延伸。通常是指体内的一些生化因素的作用下，没有分化的腹膜组织转变为内膜组织，从而形成病灶；
4、遗传学说：因为研究发现，该种疾病具有家族的聚集性。当患者一级亲属中患有该种疾病，女性的发病率为普通正常人群的7-10倍，同时一些异常的免疫调节及异常的免疫表达均会导致子宫内膜异位症的发生。