食管癌的原因现在还不很清楚，它涉及很多因素，譬如环境因素、遗传因素，大致总结一下可能跟以下几方面因素有关：
1、亚硝胺和真菌：饮食和饮水中含有硝酸盐，真菌可以把硝酸盐还原成亚硝酸盐，亚硝酸盐是一类很重要的强致癌物质，有一些真菌还可以合成亚硝胺；
2、营养因素：在食管癌高发区域，发现缺少动物性蛋白、维生素、微量元素等营养物质，所以这些营养物质的缺乏跟食管癌的发生有关；
3、饮食习惯：食管癌病人常常有大量长期饮酒史、吸烟史或喜食粗糙食物、滚烫食物或进食很快，还有些病人喜欢吃霉变或者腌泡食物；
4、遗传或基因：食管癌高发区病人常常有家族聚集性，研究发现食管癌病人的染色体数目和结构有变化，另外有些基因改变可以促进食管癌发生；
5、其它因素：食管慢性炎症、食管反流性炎症、巴雷特食管、食管腐蚀伤、贲门失弛缓，这些食管的良性疾病长期刺激也有很高的癌变几率。