原则上肛周形成脓肿后是一定要通过手术来治疗的，但部分病人在形成脓肿之后会自行破溃流脓，即脓腔破口后脓液自行流出，之后肿痛症状也会减轻，一般的人逐渐就会收口愈合。
还有部分人强烈要求不手术，那么这时可以试着用注射器从脓腔中把脓抽出来，一般情况下肛周脓肿这一关也可以过，但是之后它会形成肛瘘。肛周脓肿的正规治疗是建议做一个切开引流，如果是低位的肛周脓肿，可以做一次性的根治。
如果是高位的或者复杂的肛周脓肿，可以做切开引流。总的治疗原则就是在肛周形成脓之后，需要把脓排出来，以免脓液吸收入血，形成脓毒血症，对生命健康造成影响。