卵巢上的囊肿分为良性和恶性，不同性质的囊肿形成过程不同，一般囊肿就是通过超声或体检而发现卵巢上有囊性的肿物。
1、良性囊肿：如果囊性肿物比较光滑，没有内生乳头、血流信号，指标正常，多数是良性囊肿，一般是卵巢细胞或分化形成。良性肿瘤超过5cm，手术治疗即可，但是有些卵巢的良性肿瘤比较容易复发，如黏液性囊肿或巧克力囊肿；
2、恶性囊肿：部分卵巢囊肿是无回声或低回声，里面还有实性回声，实性回声有血流信号或无回声上有分隔，分隔上面有血流信号，都提示着囊肿可能是恶性或交界性肿瘤。如果囊性的肿瘤里 有实性成分、间隔成分，建议手术治疗，因为不能排除是恶性。如果术中发现囊肿是恶性，就要扩大手术范围。如果术中发现囊肿是良性，仅做剔除即可；
3、生理性卵巢囊肿：正常女性月经周期中，就可能存在生理性卵巢囊肿。等来完月经之后，囊肿就消失，是黄体囊肿的可能性较大。卵泡在月经周期中会发育成2cm左右的囊性物体，有的人则会当成囊肿。