胃间质瘤的最佳治疗方法，无非就是手术切除，手术切除即根治性切除。但是临床碰到的胃间质瘤往往并不简单，也不是皆可以手术切除。有的胃间质瘤肿瘤较大，如>10cm，或者长在较大的关键部位，如在贲门，或者长到周围的组织上，如脾脏。
像上述间质瘤，在治疗上，可能要通过术前治疗或者辅助治疗，先口服靶向药物。现在常用的就是伊马替尼，使肿瘤缩小。在缩小以后，切除范围会减小，手术难度也降低，手术创伤也会缩小。在病人的手术以后，功能可能保留得更多，恢复得更快。
所以最佳的 治疗方法，则因不同的病情，而有不同的处理方法。当然晚期的间质瘤已经出现了肝脏、肺或者远处转移，最佳的治疗方法就是口服靶向药物，不能盲目选择手术治疗。