肛门疼痛是一个很复杂的问题，肛门疼痛往往与肛门的疾病有很大的关系。肛门疼痛的主要原因如下：
1、肛裂的病人在排便时引起肛门撕裂，可能就会出现疼痛；
2、如果发生痔疮的脱垂，可能出现水肿或血栓，引起局部的障碍，患者可能出现剧烈的疼痛；
3、部分肛周脓肿患者可能出现剧烈的肛门疼痛；
4、除疾病以外，还有一些不明原因的肛门疼痛。有的患者可能一段时间内经常发生肛门疼痛，比如患者站着会出现肛门疼痛，有的患者在晚上睡觉时，可能发生肛门疼痛，且较为常见。患者到医院就诊后，经详细检查，亦未发现疾病，此类疼痛往往是一过性的肛门肌肉痉挛所引起，这种疼痛有时候可能会给患者带来很大的心理障碍。通过观察发现肛门疼痛好发于女性，尤其是中老年女性较多，可能与女性的更年期有很大的关系，所以有可能将此类疼痛称之为肛门痛，也有可能称之为神经官能性疼痛。对于此类疼痛，往往不需要做任何处理，有时候可能通过局部用药，或者让患者逐渐通过心理的缓解和疏导解决肛门疼痛问题。