引起生殖器疱疹的病毒主要有单纯疱疹病毒Ⅰ型和单纯疱疹病毒Ⅱ型，单纯疱疹病毒Ⅰ型是口唇部疱疹的主要病因，口交行为是生殖器疱疹的常见诱因之一。
在肛门生殖器疱疹中，单纯疱疹病毒Ⅰ型的感染力比之前升高，在男男同性恋及女女同性恋中发现的比较多。单纯疱疹病毒Ⅱ型是生殖器疱疹发作最常见和最主要的原因，是亚临床症状及无症状排毒期间间歇性排毒的主要病因。
目前生殖器疱疹Ⅰ型和Ⅱ型均可诱发患者病情反复发作，但病情复发在Ⅱ型疱疹病毒中更为常见，疱疹病毒的分型有利于患者病情评估和预后估测。
目前对疱疹病毒的检测有两种手段，一种是病毒学检测，即对皮病损 处的组织和细胞进行培养，但是因为检测率灵敏度较低，临床上多采用聚合酶链式反应即PCR反应。
生殖器疱疹为间歇性排毒，所以PCR检测结果阴性并不能排除没有疱疹病毒的感染。血清学检测是血清学疱疹病毒抗体检测，主要用于临床上无症状的HSV感染的监测。