婴儿不宜长期服用益生菌，在我国益生菌作为功能性食品也称保健食品，是指有益于健康的活微生物食物组分。但已有研究表明益生菌会对肠道相关的淋巴组织活性产生刺激，如刺激免疫球蛋白A抗体应答进而产生组织刺激，降低轮状病毒感染危险性等。因此益生菌并非万能的功能性食品，主要作用在于改善人体肠道菌群、肠道功能，因而仅在肠道功能紊乱时服用较为合适，不宜将其作为日常食物，通常益生菌适用于以下情况：
1、便秘或腹泻：益生菌具有双向调节作用，宝宝出现便秘或腹泻等症状时均可服用。益生菌可调节肠道菌群失调，解腹痛、腹胀等不适；
2、过量服用抗生素：当宝宝服用大量抗生素造成肠道菌群失调时，可以补充益生菌。抗生素进入人体后除消灭致病菌外，还将肠道内诸多有益菌一并杀灭，因此适量补充益生菌可恢复宝宝肠道菌 群内环境，以达到菌群平衡。
因此，宝宝不可长期服用益生菌，否则造成依赖同时也不利于宝宝健康。