儿童脑炎是多种病因引起的颅内急性感染性疾病，经及时诊治，大多数脑炎能完全治愈，预后较好。但少部分脑炎患儿可遗留各种神经精神症状，称脑炎后遗症，具体如下：
1、婴幼儿化脓性脑膜炎的预后比较严重，合理的抗生素治疗和支持治疗，可降低本病的死亡率。因病原体、患儿年龄、脑脊液中细菌量、治疗前惊厥持续时间的不同，有10%-20%的化脓性脑膜炎会有各种神经系统后遗症，包括智力低下、反复惊厥发作、语言能力延迟、视力受损、听力障碍、行为异常；
2、病毒性脑炎：病程大多2-3周，多数病毒性脑炎能够完全恢复，少数临床病情重、全脑弥漫性病变者可遗留惊厥及视力、听力、语言 、运动、心理行为等残疾；
3、结核性脑膜炎：预后与治疗早晚、患儿年龄、结核分枝杆菌的耐药性、疾病分型、分期等有关。结核性脑膜炎治疗越晚，病死率越高；患儿年龄越小，病死率越高。结核性脑病炎的严重后遗症包括脑积水、肢体瘫痪、智能低下、失明、失语、癫痫及尿崩症等。