肾结石引起比较复杂，有些肾结石和天气、水质都有关系，有些和解剖异常有关系，比如有些人肾盂输尿管交界处狭窄，因为流水不腐，户枢不蠹，通而不畅，慢慢这个地方就形成结石了。
有些人是有其他一些疾病，比如甲状旁腺疾病、甲状旁腺瘤、甲状旁腺增生，钙磷代谢问题也会形成结石。但是同样一个地方的人，有的长结石，有的不长结石，就是因为他本身情况不一样，所以结石是怎么发生的。
结石分类一般均按结石成分进行分类，比如最常见的草酸钙结石，草酸盐、尿酸、胱氨酸、磷酸镁铵等等。
如果按部位分包括肾结石、输尿管结石、膀胱结石等，其实最主要的就是肾结石，这种泌尿系结石真正原发于输尿管的应该很少，或者几乎没有，绝大多数都是肾结石掉到了输尿管，形成所谓的输尿管结石。