治疗胃肠道间质瘤目前首选手术切除，手术切除的方式有很多种，目前比较常用的有开腹手术和腹腔镜手术。近几年随着内镜手术的发展，目前内镜下的手术可以把间质瘤完全切除，但是也要根据肿瘤的大小。
一般如果肿瘤比较大或者向腔外生长，建议大家做外科手术或者腹腔镜手术。但是如果间质瘤比较小，建议选择胃镜下手术。
一般三公分以下向腔内生长的肿瘤，选择内镜下切除则非常好，可以完整的切除瘤体，同时保留胃壁。而外科手术，往往会进行楔形切除，切除瘤体的同时也会切掉一部分胃壁。
从损伤的程度来看，胃镜下切除的损伤更小，而且病人恢复的更快。当然并不是所有的胃肠道间质瘤都适合内镜切除，需要根据病灶的大小以及程度，比如分级、危险度。中危以上的肿瘤，进行外科手术比较好。
极低危或者低危的肿瘤，进行内镜下切除，也可以达到非常好的效果。