治疗胃溃疡的药物主要包括三类：第一类为抑酸药。这一类中又包括两个种类：
第一种就是PPI制剂，即质子泵抑制剂。这一类药物起效快、作用强，但是价格要相对贵一些，临床上较常用的有奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等。
第二种是H2受体阻滞剂，这一类药物的主要的优点是价格要低一些，它的作用也相对来说要轻一些，但这一类药有其自身的特点，即对夜间症状非常明显的患者更适用。治疗胃溃疡第二类的药物为黏膜保护剂，该类药物在临床上非常多，例如铝碳酸镁、吉法酯、替普瑞酮等，如果病人吃一种药物觉得不耐受，还可以换用另外一种。
第三类药物为胃肠道动力药，该类药物可促进胃的排空来减少胃溃疡的发生以及促进它修复。
另外，胃溃疡的发生与幽门螺杆菌有一定的关系，建议胃溃疡的患者进行检测，如果有幽门螺杆菌需进行治疗。