磁共振的检查时间长，CT扫描速度快。一般磁共振做一个部位，至少要十分钟左右，加上上床准备的时间可能需要20分钟左右；
CT时间较短，因为CT扫描速度快，平扫几秒钟就扫描完了，这是磁共振和CT主要的区别。但是一些复杂的可能相对就不一样，比如CT做冠状动脉成像要做增强和准备，可能时间就相对长，但是跟磁共振来比较，时间还是较短。
不同器官的检查需要不同的准备，比如做磁共振，患者做腹部前有时需要先做盆腔的检查，有时需要憋尿。做上腹部的检查一般都是要禁食、少吃一些，主要怕患者做增强磁共振时出现呕吐的情况，CT也是一样。