大部分抗NMDA受体脑炎患者预后较良好，不遗留或较少遗留后遗症，部分患者会遗留不同类型的后遗症，主要包括以下几种;
1、癫痫：最常遗留，也叫症状性癫痫，发生率最高。大部分患者即使脑炎治愈，但由于颞叶和边缘系统受过损害，会遗留一定致痫灶，在恢复过程中，甚至完全康复后，还会遗留各种类型癫痫发作；
2、智能减退：由于抗NMDA受体脑炎主要攻击大脑皮层，因此即使功能恢复，仍有部分患者会遗留不同程度智能下降，如忘事、记忆力减退，或者是反应迟钝；
3、语言障碍：部分患者会遗留语言障碍，如青少年、小孩子及语言功能发育不佳的患者，在脑炎治愈后，会遗留一定的语言发育迟缓，甚至讲话功能减退，如找词困难、用词不当，以及不同类型失语；
4、精神症状：由于抗NMDA受体脑炎累及额颞叶以及边缘系统，上述部位与精神活动密切相关。因此部分患者会遗留一定程度精神症状，如幻觉、妄想、冲动等过度型人格特征。